《指南》中明确的十个支持方向为：生物种业、先进种植养殖、食品及农产品加工、储藏与物流、新型农药制剂及肥料、农机装备及农业设施、农业和农村信息化、生物基材料及生物质能源、林木资源培育及林产加工、农业生态及农村环保、动植物疫病防控及防灾减灾。
《指南》资助项目分一般项目、重点项目和重大项目三类，单个项目支持额度分别为一般项目60万元、重点项目100万元、重大项目300万元，支持方式为无偿资助。
和2010年的《指南》相比，今年的《指南》在内容上，删减了饲料及添加剂、海洋农业、乡村现代物流等方向，并在某些方向上有微调变化，如生物种业方向中“转基因新品种”不再出现；在资助额度上，对一般项目的资助由去年单项50万元增长至60万元。
目前，科技部和财政部已委托中国农村技术开发中心受理相关申报工作。2011年度项目申报受理截止时间为2011年4月30日。
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